MLPA 是什么？

一、MLPA 是什么？

MLPA 是一種用于檢測特定核酸序列拷貝數變異的高通量、半定量技術。它可以同時檢測多達50個不同的靶序列，包括基因缺失、重復、甲基化狀態以及點突變。

核心特點：

1. 高通量： 一次反應可檢測40-60個不同靶位點。

2. 高效經濟： 僅需少量DNA（20-100 ng），就能獲得相當于數十次傳統PCR或qPCR實驗才能得到的信息。

3. 靈敏度高： 可以檢測出雜合性缺失和單拷貝的變異。

4. 應用廣泛： 可用于DNA和RNA分析。

二、 MLPA 技術原理（分步詳解）

MLPA 技術的巧妙之處在于將 探針連接 與 PCR 擴增相結合。整個過程可以分為四個主要步驟：

第一步：DNA 變性

將樣本DNA（通常是100-200 ng）加熱至98°C，使其雙鏈解鏈為單鏈。

第二步：探針雜交

降溫至60°C左右，使MLPA特異性探針與目標DNA序列進行雜交。

MLPA探針的結構（最關鍵的部分）：

每一對MLPA探針都包括兩個半探針：

左半探針： 包含一個通用引物序列和一個靶標特異性序列。

右半探針： 包含另一個通用引物序列、一個靶標特異性序列和一個填充序列。

這兩個半探針的靶標特異性序列是相鄰的，只有當它們同時與目標DNAwammei互補結合時，才能進行下一步。

第三步：連接反應

加入 連接酶。只有兩個半探針都wanquan雜交到靶序列上，它們才會首尾相連，被連接酶共價連接成一條完整的核酸鏈。

關鍵點： 如果靶序列發生缺失或點突變，導致探針無法wanquan結合，連接反應就不會發生。這是MLPA技術特異性的基礎。

第四步：PCR 擴增

使用一對通用熒光標記引物對所有成功連接的探針進行PCR擴增。

因為所有探針都含有相同的通用引物序列，所以可以用同一對引物擴增所有不同的靶標。

為什么能定量？

每個連接成功的探針，其擴增產物的長度是不同的（由右半探針中的“填充序列"長度決定）。

通過毛細管電泳分離這些不同長度的產物，并通過檢測熒光強度來定量。

基本原理： 在一個樣本中，某個靶序列的拷貝數越高，對應的完整探針就越多，PCR擴增后該長度片段的熒光信號就越強。

三、 MLPA 工作流程概要

樣本DNA制備。

MLPA反應： 將DNA與MLPA探針混合物、緩沖液等混合，進行過夜雜交和連接反應。

PCR擴增： 使用通用引物進行擴增。

片段分析： 使用毛細管電泳儀進行分析。

數據分析： 專用軟件將樣本的信號峰值與正常對照樣本進行比較，通過計算比值來判定拷貝數。

比值 ≈ 1.0： 正常拷貝數（二倍體）。

比值 ≈ 0.5： 雜合性缺失（單拷貝）。

比值 ≈ 0： 純合性缺失（無拷貝）。

比值 ≈ 1.5： 重復（三拷貝）。

四、 MLPA 的主要應用領域

MLPA技術因其高效和靈活，被廣泛應用于：

1. 遺傳病診斷：

杜氏/貝氏肌營養不良癥： 檢測DMD基因大片段缺失/重復。

2. 脊髓性肌weisuo癥： 檢測SMN1基因外顯子7的純合缺失。

遺傳性腫瘤綜合征： 檢測BRCA1/2等基因的缺失/重復。

染色體微缺失/微重復綜合征： 如22q11.2缺失綜合征（迪喬治綜合征）、威廉姆斯綜合征等。

3. 腫瘤學：

檢測癌基因的擴增（如HER2在乳腺癌中的擴增）。

檢測抑癌基因的缺失。

4. 表觀遺傳學分析（MS-MLPA）：

這是一種特殊形式的MLPA，探針設計包含了對甲基化敏感的限制性內切酶的識別位點。

通過酶切處理，可以區分甲基化和非甲基化的DNA，從而用于檢測基因的甲基化狀態，如印記基因疾病（Prader-Willi/Angelman綜合征）和腫瘤中的基因啟動子甲基化。

5. 基因分型與點突變檢測：

通過設計特殊的探針，可以檢測已知的單核苷酸多態性或點突變。

五、 MLPA 的優缺點

總結來說，MLPA是一種非常精巧、實用且高效的靶向拷貝數分析技術，在臨床分子診斷和研究中扮演著重要的角色。

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